一、紫红笛鲷随机扩增多态性DNA及遗传多样性分析(英文)（论文文献综述）
王泽园[1]（2018）在《我国黑棘鲷不同野生群体四种线粒体基因序列的比较研究》文中进行了进一步梳理黑棘鲷（Acanthopagrus schlegelii）具有生长速度较快、适应能力强、运动范围小、营养价值较高等特点,是近年来海水养殖的重要经济鱼类。线粒体DNA具有母系遗传、含量丰富、进化速度快及遗传行为比较独立等特点被广泛的应用在鱼类遗传多样性及遗传分化的研究中。本文以黑棘鲷线粒体D-loop、Cytb、COⅠ和16SrRNA四个片段的基因序列为基础,研究了中国沿海10个野生群体80个个体的遗传多样性和遗传分化情况,结果发现:（1）线粒体D-loop基因研究,发现多态位点数55个,共定义了36种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.973、核苷酸多样性指数Pi为0.00843,10个群体表现出了较高单倍型多样性和较高核苷酸多样性,其中海口群体的遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0062-0.106,AMOVA分析和系统进化树显示10个野生群体间并没有出现显着的遗传分化,分子中性进化检验显示烟台和湛江群体显着偏离中性进化;（2）线粒体Cytb基因研究,发现多态位点数44个,共定义了13种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.664,核苷酸多样性指数Pi为0.02353,说明10个群体表现出了较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,其中厦门群体遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0012-0.0490,AMOVA分析和系统进化树显示厦门群体和其他9个群体间存在较显着的遗传分化,但其他9个群体间没有明显的遗传分化,分子中性进化检验显示南澳岛群体显着偏离中性进化;（3）线粒体COⅠ基因研究,发现多态位点数63个,共定义了9种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.509,核苷酸多样性指数Pi为0.00537,说明10个群体表现出了较高的单倍型多样性和较高的核苷酸多样性,其中湛江群体的遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0003-0.0268,AMOVA分析和系统进化树均显示厦门群体和其他9个群体间存在较显着的遗传分化,但其他9个群体间没有明显的遗传分化,分子中性进化检验得出10个群体均未显着偏离中性进化;（4）线粒体16SrRNA基因研究,发现多态位点数16个,共定义了9种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.393,核苷酸多样性指数Pi为0.00319,说明10个群体表现出了较低的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,其中湛江群体的遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0000-0.0057,AMOVA分析和系统进化树均显示10个野生群体间并没有出现显着的遗传分化,分子中性进化检验显示舟山群体显着偏离中性进化。综上所述,发现D-loop、COⅠ、Cytb基因可以很好的揭示群体的遗传多样性,但16s rRNA基因在揭示黑棘鲷遗传多样性方面效果不明显,不适合用于黑棘鲷种内遗传多样性的研究。可以看出中国沿海10个黑棘鲷野生群体的遗传多样性总体上处于中等水平,其中湛江、厦门、海口群体的遗传多样性较高,这与其所处的地理位置有关。四个基因片段总体上均显示我国南北方群体间并未出现明显的遗传分化,可以归为同一个管理单元,但其中COⅠ和Cytb基因显示厦门群体和其他9个群体间存在明显的遗传分化,这可能与厦门海域存在地理隔离有关,具体原因还有待进一步验证。遗传距离显示10个群体均未达到亚种的分化水平,遗传距离大小和群体所处地理位置没有明显关系,本研究将对黑棘鲷的种质改良、养殖育苗及种质资源的保护提供重要的理论依据。
刘祥芳,郑建波,贾永义,顾志敏,罗琛[2]（2017）在《翘嘴红鲌雌雄基因组差异及太湖野生群体遗传多样性现状的AFLP分析》文中研究说明为发展翘嘴红鲌Erythroculter ilishaeformis（Bleeker）性别控制育种和单性养殖技术,利用AFLP技术对翘嘴红鲌太湖野生群体中雌、雄各20个个体的基因组进行了遗传多样性和雌雄差异分析。用筛选出的8对AFLP多态性引物在太湖野生群体基因组中共检测到319个位点,其中多态性位点185个。通过对所有多态性位点在个体中的分布进行分析,发现一个只在雄性个体中稳定存在、在雌性个体中缺失的差异位点。在人工雌核发育翘嘴红鲌群体只有雌性个体,其基因组中也检测不到该差异位点的存在。这些结果表明翘嘴红鲌性别分化可能受到严格的遗传调控,该差异位点是雄性特有的性别分子标记。翘嘴红鲌太湖野生群体目前的多态位点比率P=57.99%,观测等位基因数Na=1.5799±0.4943,有效等位基因数Ne=1.3859±0.3971,Shannon’s信息指数I=0.3221±0.2987。这些统计分析结果与10年前对该群体的AFLP研究结果（P=51.21%,Na=1.512±0.500,Ne=1.252±0.371,I=0.218±0.275）相比没有显着差别（P>0.05）,说明该群体目前还具有适度的遗传多样性。
汪珂[3]（2016）在《川陕哲罗鲑种群遗传学及分子系统发育研究》文中研究说明哲罗鲒属（Huc/ho）隶属于鲑形目（Salmoniformes）、鲑科（Salmonidae）。全世界现有5个种,即:分布于欧洲多瑙河流域的多瑙哲罗鲑（Huchohucho）;广泛分布于欧亚大陆北部的太门哲罗鲑（Hucho toimen）;分布于我国长江水系的川陕哲罗苏（Hucho bleekeri）;分布于我国和朝鲜鸭绿江上游的石川哲罗苏（HHucho ishikawae）;以及分布于库页岛、日本北海道和远东地区的远东哲罗鲑（Hucho perryi）。它们在生物地理学、鱼类系统演化与古生态学的研究中具有重要的学术价值。川陕哲罗鲑又名四川哲罗鲑,是哲罗鲑属中唯一的我国特有物种。20世纪60年代以前,川陕哲罗鲑分布较为广泛,资源量较丰富。近年来由于生态环境的破坏、过度捕捞等人为因素,川陕哲罗鲑自然资源量经历了极为严重的下降,原有的分布区内已经多年未发现其踪迹,自然种群面临灭绝的威胁。2012年秋季在陕西太白河重新发现了 19尾川陕哲罗鲑成鱼,是近20多年来发现的规模最大的一批群体,也是该物种在太白河绝迹15年后的再次发现。对此,科研工作者立刻开启了该物种的保护计划。保护遗传学的重要研究内容是保护物种的遗传多样性,从分子生物学的角度来评估物种多样性水平是恢复其野生资源的前提和基础。基于种群遗传学的研究结果制定相应的保护对策是保护濒危物种的有效手段。本文以川陕哲罗鲑为主要研究对象,一方面开展种群遗传学研究,筛选出适用于川陕哲罗鲑的高效分子标记,评估了川陕哲罗鲑种群遗传多样性,并构建了亲子鉴定体系,同时研究了川陕哲罗鲑的基因渗入问题。另一方面探究了该哲罗鲑属物种的系统进化与分化过程,研究了川陕哲罗鲑的系统发育位置和分歧时间。具体研究结果如下:1川陕哲罗鲑微卫星标记的开发通过二代技术获得秦岭细鳞鲑（Brachymystx lenok tsinlingensis）微卫星文库,进一步筛选出适用于川陕哲罗鲑的多态微卫星引物27对,并使用该微卫星标记对20尾野生川陕哲罗鲑个体进行了遗传多样性初步研究。结果表明:等位基因数目（Na）为28个,观测杂合度（Ho）为0.150-0.906,期望杂合度（He）为0.5080.845,多态信息含量（PIC）为0.3710.808。其中8个微卫星位点（BLT19,BLT28,BLT25,BLT30,Hb13-5,Hb15-11,Hb16-240,Hb18-163）显着偏离哈迪温伯格平衡（P<0.01）。本实验研究开发的微卫星标记可应用于川陕哲罗鲑个体识别、遗传多样性、亲缘关系鉴定等遗传学的进一步研究。2基于线粒体DNA （CYTB基因片段和控制区序列）和微卫星标记对川陕哲罗鲑太白河野生种群遗传多样性的评估线粒体DNA标记:采集川陕哲罗鲑野生个体43尾,分别利用线粒体DNA不同片段（C）TTB基因片段和控制区序列)对该种群进行遗传多样性评估。结果显示:控制区序列拥有12个单倍型,CYTB基因片段则仅拥有3个单倍型;控制区序列的单倍型多样性指数（Hd）与核苷酸多样性指数（P/）分别为0.8208和0.00159,远高于CYTB基因片段（0.0941和0.00009）。两个序列的核苷酸变异的平均数分别为1.871 （控制区序列）和0.095 （CYTB基因片段）。总体来说,两序列的遗传多样性水平都较低。Network网络结构图表明该群体的线粒体DNA单倍型网络结构较为单一。系统进化分析表明本实验中来自陕西省太白河的样本全部归为一个类群,该种群没有呈现出明显的遗传分化。微卫星标记:从筛选出的多态微卫星引物中挑选出15对多态性高、扩增效果好的引物,分别在正向引物末端标记2种常见的荧光（FAM或HEX）,利用其对川陕哲罗鲑野生种群进行遗传多样性分析。结果共检测到77个等位基因,每个位点等位基因数从2 （Hbl10-16）到13 （Hb18-163）不等。观测杂合度0.04651 - 1.0000,平均值为0.59719。期望杂合度0.091110.67387,平均值为0.44735。除位点Hb14-10, BLT25, Hb13-5和Hb12-2外,其他位点都显着偏离哈迪-温伯格平衡（P <0.01）。近交系数为-0.90487 - 0.49398,平均值-0.34033 （P> 0.05）。所有检测的微卫星位点间不存在连锁不平衡现象（P > 0.05）。聚类分析表明该种群内不存在遗传分化。种群瓶颈效应检验结果说明该种群近期经历了严重的瓶颈效应,并达到显着水平（P<0.05）。两种分子标记结果都显示:太白河川陕哲罗鲑野生种群具有较低的遗传多样性。3川陕哲罗鲑人工繁殖子一代遗传特征的评估及亲子鉴定技术的建立从筛选出的多态微卫星引物中选择出14个高度多态微卫星位点合成荧光标记引物,对川陕哲罗鲑人工繁殖子一代群体进行遗传多样性评估。结果显示,该群体共检测到有49个等位基因,单个位点等位基因数（Na）为2～6个,平均值为3;观测杂合度（Ho）为0.069 ～ 1.000,其平均值为0.574;期望杂合度（He）为0.067 ～ 0.696,平均值为0,432;多态信息含量（PIC）为0.064～ 0.644,平均值0.339。这些参数值均表明该群体的遗传多样性处于较低水平。两两家系之间的遗传分化程度（FST）为0.02504,表明家系之间的遗传距离较为接近,不存在明显的遗传分化。单个种群内近交系数（FrS）为-0.33255,说明群体未出现明显的近交。与川陕哲罗鲑野生种群相比,子一代群体的遗传多样性参数明显较低,利用这14对引物构建川陕哲罗鲑亲子鉴定技术。结果显示,在单亲信息已知和双亲信息已知的情况下,其累积非父排除概率均大于99%;双亲信息均未知情况下,累积非父排除概率大于98%,可以认定亲本与子代之间的亲子关系。分析结果表明这14个多态微卫星标记适用于建立川陕哲罗鲑亲子鉴定技术。4基于线粒体DNAC YTB基因片段分析秦岭地区川陕哲罗鲑与秦岭细鳞鲑基因渐渗利用线粒体DNA细胞色素b基因CYTB片段,分析了陕西秦岭地区太白河川陕哲罗鲑与秦岭细鳞鲑两个种群样本的遗传特征,其中川陕哲罗鲑样本量为43尾,秦岭细鳞鲑样本量为50尾。同时将其与青海省玛柯河川陕哲罗鲑及黑龙江流域的细鳞鲑历史数据进行序列比对与聚类分析。结果显示,总群体的简约信息位点数为97,太白河川陕哲罗鲑与秦岭细鳞鲑两个群体之间的遗传分化系数（Gst）为0.06653,平均核苷酸差异度（Kxy）为0.3476、核苷酸歧异度（Dxy）为0.08598、基因流（Nm）为3.51。总群体的固定系数（Fst）为0.1080,两个群体没有共同单倍型。系统进化树显示两个群体各自聚为一类,二者之间的遗传距离较远。研究结果表明这两种鲑科鱼类在所分析的线粒体DNA区域内没有发生杂交渐渗。5川陕哲罗鲑分子系统发育位置及分歧年代的研究利用线粒体DNA序列全长和13个蛋白质编码基因分别构建了鲑科鱼类（包括部分鲑科鱼类及除石川哲罗鲑外其他哲罗鲑属鱼类）系统进化树;同时利用线粒体DNA全长序列和13个蛋白质编码基因拼接序列,基于恒定进化速率的分子钟推断哲罗鲑属分化年代。结果发现哲罗鲑属鱼类系统进化中,川陕哲罗鲑与多瑙哲罗鲑和太门哲罗鲑聚为一类,远东哲罗鲑与红点鲑属物种的分支更为接近。研究结果的系统进化树大部分节点的后验概率大于95%,因此该聚类分析具有较高的可信度。哲罗鲑属分化年代分析推测远东哲罗鲑最先与哲罗鲑属其他鱼类分离,隔离年代大概为10.4Ma,这种分化可能是地理隔离造成的。分布于欧亚大陆淡水水系的太门哲罗鲑、川陕哲罗鲑与多瑙哲罗鲑则分化年代较晚。川陕哲罗鲑同太门哲罗鲑以及多瑙哲罗鲑的隔离时间均约为1.7 2.2 Ma;多瑙哲罗鲑与太门哲罗鲑的隔离时间则约为1.4 1.8 Ma。玛珂河川陕哲罗鲑与太白河川陕哲罗鲑之间的隔离时间约为1.3～1.7 Ma。此外,黑龙江流域的细鳞鲑与分布于秦岭的秦岭细鳞鲑之间的隔离时间大约为1.7 2.2 Ma,这与同样生境下的太门哲罗鲑和川陕哲罗鲑的分化年代相符。由此认为,分布于秦岭地区的两种鲑科鱼类与分布于黑龙江流域的鲑科鱼类的隔离年代大概处于第四纪更新世。
刘丽,赵洁,郭昱嵩,刘楚吾[4]（2012）在《4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析》文中进行了进一步梳理以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷L.argentimaculatus、红鳍笛鲷L.erythropterus、千年笛鲷L.sebae为研究对象,采用EcoRⅠ/MselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性（amplified fragmentlength polymorphism,AFLP）标记的开发和筛选,并对其进行遗传多样性分析。从50对引物中筛选适合4种笛鲷的AFLP引物,其中勒氏笛鲷筛选出24对,获得位点1431个,多态位点比例为22.85%;紫红笛鲷筛选出20对,获得位点1370个,多态位点比例为17.08%;红鳍笛鲷筛选出22对,获得位点1403个,多态位点比例为17.18%;千年笛鲷筛选出22对,获得位点1349个,多态位点比例为12.90%。Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个个体之间的平均遗传距离,勒氏笛鲷为0.1035,紫红笛鲷为0.0719,红鳍笛鲷为0.0805,千年笛鲷为0.0572。选取2对引物对4种笛鲷群体间遗传多样性进行分析,获得总位点140个,多态位点104个。4种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773—0.6650,明显高于各笛鲷种群内遗传距离,其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远,为0.6650,勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近,为0.3773。
韩刚[5]（2012）在《基于AFLP标记技术的几种海洋经济鱼类分子系统地理学研究》文中提出本研究采用AFLP标记技术进行花鲈、刀鲚、梭鱼、棘头梅童鱼、大泷六线鱼、太平洋鲱鱼和斑头鱼七种海洋鱼类的群体遗传结构和遗传多样性研究，并探讨了花鲈和鲈鱼、棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼种间分化，得出了如下结论：（1）对采自中国沿海的花鲈3个群体和日本沿海的鲈鱼4个群体进行了AFLP分析，结果表明日本有明海鲈鱼群体的Nei遗传多样性指数和Shannon多样性指数略高于其他6个群体的遗传多样性指数，且都处于中等程度偏下水平；UPGMA树显示来自中国的3个花鲈群体和来自日本的4个鲈鱼群体分别聚类；花鲈两两群体的Fst值（0.084-0.140）和鲈鱼两两群体之间的Fst值（0.045-0.153）明显低于花鲈群体和鲈鱼群体之间的Fst值（0.283-0.556）；花鲈群体之间和鲈鱼群体之间的基因流均大于1，而花鲈与鲈鱼群体之间的基因流均小于1。因此，本研究的结果也支持中日鲈鱼属于不同物种这一结论。（2）为进一步分析中国沿海与日本沿海的刀鲚群体间遗传分化水平，本研究采用AFLP标记技术对中日刀鲚群体的遗传多样性和群体遗传结构进行了研究。UPGMA树结果显示日本两个群体的所有个体在系统树上形成了一个小的分支，但是整体上仍然与中国群体形成了一个大支；中国群体之间的Fst值以及日本群体之间的Fst值显着小于中日群体之间的Fst值，中日刀鲚群体之间存在较为显着的遗传分化，但刀鲚中日种群间的遗传分化指数远小于刀鲚与凤鲚之间的遗传分化指数；研究结果显示中日刀鲚群体间的基因交流可能十分有限。（3）对来自中日沿海的8个地理群体的91尾梭鱼样品进行了AFLP分析，从核基因角度探讨梭鱼不同地理群体的遗传变异，结果显示梭鱼群体的多态位点比例仅为22.73%-38.46%，相对较低；UPGMA聚类树显示梭鱼8个群体分为两个不同的地理组群，南方群体和北方群体，南方群体包括珠江和云林群体，北方群体包括其余的6个群体；两两群体之间的遗传分化指数Fst也显示南方群体与北方群体存在较大的遗传分化，暗示其分布范围内的南海海区群体与北方群体（包括东海、黄渤海和日本沿海）存在较大的遗传分化；研究结果认为梭鱼线粒体所揭示的3个支系不是代表了3个隐蔽种，而南北两个群体可能代表两个隐蔽种。（4）石首鱼科是自上新世至今十分繁盛的海洋鱼类，广泛分布于热带、亚热带的近海水域。本研究以黑鳃梅童鱼为外群，对采自中国沿海的棘头梅童鱼5个地理群体进行了AFLP分析，同时探讨两种梅童鱼种间遗传差异，研究结果显示，棘头梅童鱼60个个体中共扩增出458条清晰的条带，多态位点比例为95.85%；两种梅童鱼UPGMA聚类树的结果表明两种梅童鱼明显分为两个支，在棘头梅童鱼5个群体中，舟山和上海聚为一支，温州和厦门聚为一支，最后与深圳聚为一支；棘头梅童鱼5个群体之间的遗传分化指数均较大，从0.1648（舟山和上海）到0.3074（深圳和上海）；5个群体间的基因流系数均远小于1，表明各个群体间基因流受阻；研究结果支持棘头梅童鱼与黑鳃梅童鱼为2种不同的梅童鱼的观点，并认为棘头梅童鱼不同地理群体之间的基因交流非常有限。（5）针对线粒体DNA和微卫星研究结果的差异，采用AFLP标记技术对采自中国沿海的5个地理群体以及日本沿海1个地理群体的大泷六线鱼进行补充研究。结果显示日本青森群体的Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数最高，丹东群体最低；UPGMA聚类树的结果显示大泷六线鱼的拓扑结构比较简单，虽然存在两个分支，但是没有检测到与采样地点相对应的分支；两两群体的Fst值较小，仅为0.016-0.122；基于Fst值计算两两群体之间的基因流，结果显示每组基因流都大于1，并且有5组群体之间的基因流都大于4；AFLP标记技术的研究结果支持大泷六线鱼是一个随机交配的群体。（6）采用AFLP标记技术对采自整个分布范围的太平洋鲱鱼开展了分子系统地理学研究。8个群体的遗传多样性指数都比较相近，并无明显差异；UPGMA树结果显示所有个体分为两大支，其中一支由希托克岛的个体组成，另一支由其他七个群体组成，除鄂霍次克海群体存在一个小的分支外，不同的地理群体间无明显的分支，存在一定程度的交叉；托克岛群体与其他群体的遗传分化指数Fst较大，西勘察加与石狩湾群体之间的遗传分化指数最小；两两群体之间的基因流的计算结果显示希托克岛群体与其他群体的基因流均小于1，而其他两两群体之间的基因流均大于1。本研究结果支持其他学者的分支A起源于西北太平洋某处避难所、而分支B应该位于东太平洋避难所的结论。（7）对采自中国青岛和威海俚岛近海的两个斑头鱼群体进行了AFLP比较分析。结果显示两群体的遗传多样性指数水平都比较相近，并无明显差异；UPGMA树上存在两个分支，但是两个群体的个体相互混杂，并没有与采样地点相对应的分支的存在；两群体之间的Fst值为0.056，且统计检验结果显着；两群体之间的基因流大于4。AFLP标记技术的研究结果认为斑头鱼与大泷六线鱼具有十分相似的遗传多样性水平和遗传结构差异，并支持斑头鱼是一个随机交配的群体。
李培,王中铎,郭昱嵩,刘丽,刘楚吾[6]（2011）在《孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析》文中指出采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanus campechanus）和勒氏笛鲷（L.russel-lii）的微卫星引物中筛选出适用于孟加拉笛鲷（L.bengalensis）和四带笛鲷（L.kasmira）的微卫星引物,并应用于三亚和湛江群体的遗传结构分析.结果表明:25对引物中筛选出13对可以稳定扩增出特异片段的引物,其中12对可在孟加拉笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带;10对可在四带笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态;9对为两个种通用.孟加拉笛鲷的湛江群体（ZMJ）和三亚群体（SMJ）、四带笛鲷的湛江群体（ZSD）和三亚群体（SSD）的平均等位基因数分别为:3.888 9、4.111 1、4.333 3、4.222 2;平均观测杂合度分别为:0.583 3、0.638 9、0.594 4、0.638 9;平均多态信息含量分别为:0.472 0、0.469 2、0.547 4、0.525 7.将本实验所得结果与笛鲷鱼其他研究结果进行比较分析,可以看出目前湛江海域野生笛鲷的遗传多样性整体比较丰富,但部分野生笛鲷已表现出杂合子缺失的趋势,这势必会引起将来遗传多样性的降低,所以要尽早对野生群体进行摸底调查,并找出解决养殖群体污染野生群体这一问题的方法.
李培[7]（2011）在《南海海域五种笛鲷的SSR和D-loop序列分析》文中进行了进一步梳理笛鲷属（Lutjanus）鱼类隶属鲈形目（Perciformes）笛鲷科（Lutjanidae）,是广泛分布于热带和亚热带的岩礁鱼类,是我国南海海域重要的捕捞和海水网箱养殖对象之一。本文采用SSR标记和D-loop序列分析两种分子技术,分析三亚海域红鳍笛鲷（Lutjanus erythopterus）的野生及养殖群体、紫红笛鲷（Lutjanus argentimaculatus）的野生及养殖群体;湛江及三亚2个不同海域千年笛鲷（Lutjanus sebae）的养殖群体、孟加拉笛鲷（Lutjanus bengalensis）和四带笛鲷（Lutjanus kasmira）的野生群体5种笛鲷10个群体的遗传多样性及群体分化水平。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanus campechanus）和勒氏笛鲷（Lutjanus russellii）的微卫星引物中筛选出适用于红鳍笛鲷、紫红笛鲷、千年笛鲷、孟加拉笛鲷和四带笛鲷的微卫星引物,结果表明:在千年笛鲷中有13对引物可扩增出重复性好的特异性条带;在紫红笛鲷和孟加拉笛鲷中都各有12对引物可扩增出重复性好的特异性条带;在红鳍笛鲷和四带笛鲷中都各有10对引物可稳定扩增出特异性条带。10个笛鲷群体的多态信息含量（polymorphism information content）在0.38540.5660的范围内,期望杂合度（Expected Heterozygosity）在0.48430.6141的范围内。SSR标记群体遗传变异的结果表明:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富;而且同种笛鲷不同群体间都存在不同程度的遗传分化。测定10个笛鲷群体84个个体的D-loop全序列,共检测到78种单倍型。10个群体的单倍型多样性为0.89301.0000,群体内核苷酸多样性水平（Pi）平均为0.00350.0229,平均核苷酸差异数（K）为3.056019.8570,与SSR技术所得结论一致:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富。这五种笛鲷中,紫红笛鲷养殖与野生群体之间的分化最大,遗传距离为0.1900;养殖千年笛鲷湛江与三亚群体之间的分化最小,遗传距离为0.0050。
曲疆奇[8]（2010）在《鲤TRAP分子标记筛选及其遗传多样性分析》文中研究表明由美国农业部北方作物科学实验室Hu与Vick于2003年提出的目标区域扩增多态性（target region amplified polymorphism, TRAP）也叫靶位区域扩增多样性,是一个基于PCR的标记技术。它易于建立,同时又具有重复性好、效率高等特点。相比其他分子标记技术,TRAP标记技术具有许多优势。首先它像RAPD技术一样容易建立,同时又能产生出与AFLP技术相媲美的图谱。其次,TRAP标记技术能够利用生物信息工具和EST数据库信息,产生目标候选基因区多态性标记。这一技术已成功应用于许多农作物的遗传图谱构建、重要性状分子标记筛选、种质资源多样性研究和标记辅助选择育种中。目前,在鲤遗传结构的研究中主要应用的标记有SSR标记和RAPD标记等,尚未见到应用TRAP标记技术分析鲤遗传结构的相关报道。因此,本研究将这一新型分子标记运用到鲤遗传育种研究中。针对鲤这一主要水产养殖品种设计了TRAP分子标记的反应体系。初步确定适合鲤TRAP反应体系：在15μl PCR反应体系中,Mg2+浓度为1.5mmol/L、dNTPs浓度为0.35mmol/L、随机引物浓度均为6pmol/L、固定引物浓度为10pmol/L、含DNA模板60ng、Taq DNA聚合酶1.0U。扩增反应包括：94℃4min,1个循环；94℃45s,35℃45s,72℃1min,5个循环；94℃45s,53℃45s,72℃1min,35个循环；72℃10min,1个循环,4℃保存。运用这一优化反应体系,选取10个多态性较好的引物组合对建鲤、黄河鲤、黑龙江野鲤、兴国红鲤和荷包红鲤等5个鲤群体进行遗传多样性进行分析。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态性比率80.41%,平均多态性信息含量0.29。分子变异方差分析（AMOVA）表明鲤群体遗传遗传多样性主要存在于群体内个体间（96.97%）,只有3.03%遗传变异存在于群体间。基于目标候选基因TRAP标记的聚类结果能够在一定程度上反映了鲤群体间的亲缘关系。应用TRAP分子标记对建鲤、黄河鲤和鲤改良品系进行遗传多样性分析,筛选出28个多态性较好的引物组合,共扩增出409个位点,其中多态性位点312个,平均多态性比率75.51%,平均多态性信息含量0.27。建鲤、黄河鲤和建鲤改良品系平均期望杂合度分别为0.2236、0.2261和0.2533；遗传多样性指数分别为0.2103、0.2076和0.2423；群体内多态位点比例分别为65.09%、61.37%和65.22%；遗传相似度和遗传距离结果表明,鲤改良品系继承了更多建鲤的遗传物质。同时研究发现引物组合为Me7+Eml,在200bp左右,鲤改良系有一条明显的特异带,而原始亲本建鲤和黄河鲤中则没有；引物组合为Me18+Em2,在220bp左右,黄河鲤有一条明显的特异带,而建鲤和鲤改良品系均没有。另外,针对可能与鲤生长性状相关的目标候选基因设计TRAP固定引物,利用25个TRAP分子标记对建鲤选育群体进行遗传多样性分析,同时将初步筛选出的3个与生长性状相关TRAP分子标记位点对群体进行位点性状间的关联分析。结果表明,25个TRAP分子标记共扩增出353个位点,其中多态性位点230个,平均多态性比率65%,平均多态性信含量为0.28,Nei遗传多样性指数平均值为0.2193,Shannon信息指数平均值为0.3289,表明该群体遗传多样性处于中等水平。在初步筛选出的3个TRAP位点（gh1Trap04-140、4rTrap04-308、 igf4Ga5-135）中,只有4rTrap04-308与体重、体长呈极显着相关（P<0.01）。本研究首次利用TRAP这一新型分子标记,初步寻找出一个可能与鲤生长性状相关的功能基因位点,为鲤重要生长性状的QTL（数量性状基因座）定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据。
黄宗文[9]（2010）在《斜带石斑鱼野生和养殖群体的遗传多样性分析》文中研究表明本研究以海南近海斜带石斑鱼野生和养殖群体作为研究对象,采用SSR和AFLP两种分子标记技术对其群体遗传多样性进行调查,评估其种质资源状况。为斜带石斑鱼种质资源保护和良种培育提供理论依据。研究结果如下：1.利用斜带石斑鱼近缘种微卫星序列建立了适合斜带石斑鱼的微卫星标记体系,研究了斜带石斑鱼野生群体和养殖群体在19个微卫星位点上的遗传变异情况。其中,15个位点具有多态,多态比率为78.95%。19个位点共检测到75个等位基因,平均每个引物获得3.95个等位基因。19个位点中养殖群体和野生群体的等位基因（na）平均数为3.1053和3.9474；每个基因座位上有效等位基因（ne）的平均数分别为2.1677和2.5338；香侬信息指数（Ⅰ）平均数分别为0.7235和0.8963；两群体观测杂合度（Ho）平均数分别为0.6875和0.7061；两群体期望杂合度（He）平均数分别为0.4215和0.4803；两群体间的遗传相似系数为0.9794,遗传距离为0.0208；遗传分化系数Fst平均值为0.0157,结果表明两群体间的遗传分化较小；野生群体遗传多态性比养殖群体高；斜带石斑鱼野生和养殖群体遗传多样性均比较丰富。2.采用9对选择性扩增引物对斜带石斑鱼野生和养殖群体遗传变异进行AFLP分析,共检测到500个位点。扩增位点片段分布在67-500bp范围内,多态位点为421个,多态位点比例为84.20%；有76个位点是两群体所共有的100%显性位点,占总位点的15.20%,有126个位点在养殖群体中为全隐,而在野生群体中有显性个体存在,占总位点的25.2%；平均每对引物扩增出55.6个位点；斜带石斑鱼养殖群体和野生群体等位基因平均数分别为1.3520和1.8320；有效等位基因平均数分别为1.1878和1.4166；基因多样性系数分别为0.1114和0.2449；香侬信息指数分别为0.1689和0.3726。野生群体所有多样性指数均高于养殖群体,说明野生群体遗传多态性较养殖群体丰富,两群体的遗传相似系数和遗传距离分别为0.9435和0.0582,遗传多样性指数（Ht）为0.2036,居群内的遗传多样性指数（Hs）为0.1782,两群体间的的遗传分化系数（Gst）为0.1250,群体间的基因流动系数为3.4997。说明两群体的总遗传变异主要来自于居群内个体间。SSR和AFLP两种分子标记的分析结果均表明：斜带石斑鱼野生群体多态性稍高于养殖群体；两群体间遗传分化较小,群体总遗传变异主要来自于居群个体间；与其它鱼类及同属鱼类遗传多样性指数比较得出,中国海南近海斜带石斑鱼野生和养殖群体遗传多样性水平仍处于较高水平,其种质资源状况仍然比较好。
郭宝英[10]（2009）在《黑斑原鮡遗传多样性分析及微卫星标记的开发》文中进行了进一步梳理黑斑原（鱼兆）（Glyptosternum maculatum Regan）隶属鲇形目（Siluriformes）、（鱼兆）科（Sisoridae）、原（鱼兆）属（Glyptosternum）,主要分布在雅鲁藏布江干流及其支流,是唯一一种分布到雅鲁藏布江中上游的（鱼兆）科鱼类。黑斑原（鱼兆）在雅鲁藏布江的两支流,尼洋河、拉萨河和谢通门江段三地均存在着产卵场,渔获个体大小差异明显,确定他们是否为三个相对独立的种群,还是一个种群,对于资源保护和合理利用都具有重要价值。本文利用AFLP和SSR两种分子标记方法,研究雅鲁藏布江两支流,尼洋河、拉萨河和谢通门江段黑斑原（鱼兆）地理群体的遗传多样性,重要结果如下:1.AFLP与SSR两种标记揭示了黑斑原（鱼兆）物种的遗传多样性水平（1）选用81对AFLP引物组合对3个地理群体共96个样本进行了遗传多样性研究,选出的5对多态性引物组合共扩增出332条清晰可辨、可重复的条带,平均每对引物组合扩增出66.4条带;332条扩增出的条带中有51条带是多态的,多态条带范围在8（E-AAC/T-AAG,E-AAG/T-AAT和E-AAT/T-AGA）和17条（E-AAC/T-AAT）之间,平均为10.2条。3个地理群体的遗传距离（D）分布范围在0.0015-0.0042之间。（2）选用28对SSR引物对3个黑斑原（鱼兆）地理群体共96个样本进行了遗传多样性研究,选出的6对SSR多态性引物共扩出20个等位基因,平均每个位点为3.2个等位基因,多态信息含量为0.0394-0.4159,平均0.2837,属中度多态,可作为黑斑原（鱼兆）遗传标记分析有效的微卫星引物。3个地理群体的遗传距离（D）分布范围在0.0022-0.0778之间。2.AFLP标记和SSR标记的比较AFLP标记共产生332条清晰可辨、可重复的条带,其中51条带是多态的;SSR标记共扩出20个等位基因。这两种分子标记的研究结果比较一致:均揭示了黑斑原（鱼兆）群体遗传多样性水平比较低,并且拉萨河群体遗传多样性最低;3个地理群体间无遗传差异。AFLP和SSR都是评价黑斑原（鱼兆）遗传多样性有效的分子标记。3.黑斑原（鱼兆）微卫星序列的开发在本研究所用的生物素标记的（CA）15探针构建的富集文库克隆中,720个（70%）为初步定为含有微卫星序列（含有两到三条带）的阳性克隆中,从中随机挑取145个克隆去测序,其中139个（89.2%）含有重复次数大于或等于7的克隆,序列比对后发现124个克隆为非同源性碱基序列;重复次数范围为8-165次,平均为52次。对124个微卫星序列进行划分:其中perfect为80个（64.5%）;imperfect为40个（32.3%）;compound perfect为14个（3.2%）,部分序列已经在Genbank中进行了注册。4.黑斑原（鱼兆）微卫星标记的筛选共设计了33对微卫星引物,经过PCR扩增,其中有29对对黑斑原（鱼兆）有扩增产物,从中筛选出具有多态性产物的25对引物。在黑斑原（鱼兆）一个群体36个样本的25个微卫星位点上,等位基因的数目从2到10不等,平均每个位点为4.6个等位基因;观测杂合度（Ho）范围从0到1,平均为0.5481;多态信息含量（PIC）范围为0.2846-0.8173,平均值为0.5793,表明这些标记均适合黑斑原（鱼兆）进行群体遗传学分析。5.黑斑原（鱼兆）微卫星标记通用性的检测设计的33对微卫星引物扩增黄斑褶（鱼兆）（与黑斑原（鱼兆）同科不同属）一个群体的18尾样品,其中有14对成功扩增,全部显示多态,并且都能进行多态分析。等位基因数目从2到7不等,平均为3.85;期望杂合度范围为0.3476-0.8571,平均值为0.6054;观测杂合度范围为0-1,平均值为0.5992:信息多态含量范围从0.3208到0.8111,平均值为0.7434。结果显示,从黑斑原（鱼兆）筛选出的微卫星标记中已有14对成功地跨属扩增。
二、紫红笛鲷随机扩增多态性DNA及遗传多样性分析(英文)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、紫红笛鲷随机扩增多态性DNA及遗传多样性分析(英文)（论文提纲范文）
（1）我国黑棘鲷不同野生群体四种线粒体基因序列的比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 黑棘鲷的生物学特征及我国研究概况 |
| 1.1.1 黑棘鲷的生物学特征 |
| 1.1.2 我国黑棘鲷的研究概况 |
| 1.2 黑棘鲷群体遗传学的研究 |
| 1.2.1 同工酶技术 |
| 1.2.2 SSR技术 |
| 1.2.3 线粒体DNA分子标记技术 |
| 1.2.4 AFLP技术 |
| 1.2.5 RAPD技术 |
| 1.3 研究的目的、意义及内容 |
| 1.3.1 本研究的目的及意义 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.3.3 样本采集 |
| 1.3.4 技术路线 |
| 第2章 黑棘鲷群体线粒体D-loop基因序列的研究 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验试剂及仪器 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 黑棘鲷DNA的提取结果 |
| 2.2.2 D-loop基因片段的扩增结果 |
| 2.2.3 序列特征及群体遗传多样性 |
| 2.2.4 黑棘鲷群体间的遗传变异 |
| 2.2.5 分子中性进化检验 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 群体遗传多样性分析 |
| 2.3.2 黑棘鲷群体间的遗传变异分析 |
| 2.3.3 分子中性进化分析 |
| 2.3.4 10个群体黑棘鲷的系统发生关系 |
| 第3章 黑棘鲷群体线粒体Cytb基因序列比较研究 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂及仪器 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 黑棘鲷DNA的提取结果 |
| 3.2.2 Cytb基因片段的扩增结果 |
| 3.2.3 序列特征及群体遗传多样性 |
| 3.2.4 黑棘鲷群体间的遗传变异 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 群体遗传多样性分析 |
| 3.3.2 黑棘鲷群体间的遗传变异分析 |
| 3.3.3 分子中性进化分析 |
| 3.3.4 10个群体黑棘鲷的系统发生关系 |
| 第4章 黑棘鲷群体粒体COⅠ基因序列比较研究 |
| 4.1 实验材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验试剂及仪器 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 黑棘鲷DNA的提取结果 |
| 4.2.2 PCR反应结果 |
| 4.2.3 序列特征及群体的遗传多样性 |
| 4.2.4 群体间的遗传变异 |
| 4.2.5 分子中性进化检测 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 群体遗传多样性分析 |
| 4.3.2 黑棘鲷群体间遗传变异分析 |
| 4.3.3 分子中性进化分析 |
| 4.3.4 10个群体黑棘鲷的系统发生关系 |
| 第5章 黑棘鲷群体线粒体16SrRNA基因序列比较研究 |
| 5.1 实验材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验试剂及仪器 |
| 5.1.3 实验方法 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 黑棘鲷DNA的提取结果 |
| 5.2.2 PCR反应结果 |
| 5.2.3 群体遗传多样性分析 |
| 5.2.4 群体间的遗传变异 |
| 5.2.5 分子中性进化检验 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 群体遗传多样性分析 |
| 5.3.2 黑棘鲷群体间的遗传变异分析 |
| 5.3.3 分子中性进化分析 |
| 5.3.4 10个群体黑棘鲷的系统发生关系 |
| 第6章 总结与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表的论文 |
（3）川陕哲罗鲑种群遗传学及分子系统发育研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语中英文对照 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 川陕哲罗鲑研究概况 |
| 1.1 川陕哲罗鲑简介 |
| 1.2 川陕哲罗鲑研究概况 |
| 2 种群遗传学 |
| 2.1 种群遗传学的定义及其研究方法 |
| 2.2 种群遗传学研究手段——分子标记概述 |
| 2.3 种群遗传学主要研究内容——遗传多样性研究概述 |
| 3 亲子鉴定原理及其应用 |
| 3.1 亲子鉴定技术原理及其操作流程 |
| 3.2 亲子鉴定技术在濒危野生动物保护中的应用 |
| 4 分子系统发育研究概述 |
| 4.1 分子系统发育的定义 |
| 4.2 分子系统发育的理论及其研究方法 |
| 4.3 川陕哲罗鲑分子系统发育研究进展 |
| 5 本研究的目的意义及技术路线 |
| 第二章 川陕哲罗鲑微卫星标记的开发 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.2 基因组DNA的提取 |
| 2.3 微卫星引物的设计与合成 |
| 2.4 多态微卫星引物的筛选 |
| 2.5 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 川陕哲罗鲑基因组DNA的提取 |
| 3.2 多态微卫星引物的筛选及微卫星标记特征 |
| 4 讨论 |
| 4.1 微卫星引物的设计 |
| 4.2 微卫星位点的多态性 |
| 5 小结 |
| 第三章 川陕哲罗鲑太白河野生种群遗传多样性的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.2 基因组DNA的提取与PCR扩增 |
| 2.3 PCR产物检测与数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 种群遗传变异分析 |
| 3.2 种群遗传结构分析 |
| 3.3 种群历史动态评估 |
| 4 讨论 |
| 4.1 川陕哲罗鲑种群遗传多样性分析 |
| 4.2 川陕哲罗鲑种群遗传分化与遗传结构分析 |
| 4.3 哈迪-温伯格平衡与种群瓶颈效应 |
| 5 小结 |
| 第四章 川陕哲罗鲑养殖群体3个家系遗传多样性及亲子鉴定技术的建立 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.2 微卫星标记的选取与荧光标记的合成 |
| 2.3 基因组DNA的提取 |
| 2.4 PCR扩增与产物检测 |
| 2.5 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 川陕哲罗鲑微卫星标记基因型测序结果 |
| 3.2 川陕哲罗鲑子一代遗传多样性分析 |
| 3.3 川陕哲罗鲑子一代与亲本群体遗传多样性参数对比 |
| 3.4 川陕哲罗鲑亲子鉴定结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 所选微卫星标记的多态性 |
| 4.2 微卫星标记等位基因的分型 |
| 4.3 川陕哲罗鲑人工繁殖子一代的遗传多样性 |
| 4.4 亲子鉴定的可靠性 |
| 4.5 对川陕哲罗鲑遗传多样性保护的建议 |
| 5 小结 |
| 第五章 秦岭地区两种鲑科鱼类——川陕哲罗鲑与秦岭细鳞鲑种群线粒体基因渐渗的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.2 样本基因组的提取 |
| 2.3 PCR扩增与产物检测 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 基于线粒体DNA分子标记的两个种群遗传多样性分析 |
| 3.2 川陕哲罗鲑与秦岭细鳞鲑种群系统进化分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 线粒体基因渗入 |
| 4.2 川陕哲罗鲑不同种群个体差异原因推测 |
| 5 小结 |
| 第六章 川陕哲罗鲑分子系统发育研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 分析方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 基于线粒体DNA序列全长和13个蛋白质编码基因的哲罗鲑属分子系统发育位置 |
| 3.2 基于线粒体DNA序列全长和13个蛋白质编码基因的哲罗鲑属分化年代推断 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基于线粒体DNA的川陕哲罗鲑系统发育位置 |
| 4.2 基于线粒体DNA的哲罗鲑属分化年代推断 |
| 5 小结 |
| 全文结论 |
| 全文创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 攻读博士学位期间获得的荣誉 |
（4）4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA提取和AFLP分析 |
| 1.3 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 选择性扩增结果 |
| 2.2 4种笛鲷AFLP研究结果分析 |
| 2.2.1 种内遗传距离 |
| 2.2.2 种内聚类分析 |
| 2.3 4种笛鲷种群间遗传距离及聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 笛鲷属种内遗传多样性分析 |
| 3.2 4种笛鲷种间遗传多样性分析 |
（5）基于AFLP标记技术的几种海洋经济鱼类分子系统地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 群体遗传多样性和系统地理格局 |
| 1.1.1 前言 |
| 1.1.2 影响海洋鱼类系统地理格局的因素 |
| 1.1.3 海洋鱼类现有的系统地理格局 |
| 1.2 AFLP 分子标记技术 |
| 1.2.1 基本原理 |
| 1.2.2 技术特点 |
| 1.2.3 技术流程 |
| 1.3 AFLP 技术在鱼类群体遗传学研究中的应用 |
| 1.4 本论文的研究目的及意义 |
| 参考文献 |
| 第二章 基于AFLP标记技术的两种鲈鱼群体遗传结构及其地理分化研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 2.2.3 AFLP 的扩增 |
| 2.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 2.2.5 数据分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 基于 AFLP 标记技术的刀鲚群体遗传学研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 3.2.3 AFLP 的扩增 |
| 3.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 基于 AFLP 标记技术的梭鱼群体遗传学研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 4.2.3 AFLP 的扩增 |
| 4.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 4.2.5 数据分析 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第五章 基于AFLP标记的棘头梅童鱼群体遗传结构与种间分化研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 5.2.3 AFLP 的扩增 |
| 5.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 5.2.5 数据分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第六章 基于 AFLP 标记的大泷六线鱼群体遗传学研究 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 6.2.3 AFLP 的扩增 |
| 6.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 6.2.5 数据分析 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第七章 基于 AFLP 标记技术的太平洋鲱鱼分子系统地理学研究 |
| 7.1 前言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 实验材料 |
| 7.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 7.2.3 AFLP 的扩增 |
| 7.2.4 ABI3730 条带分型 |
| 7.2.5 数据分析 |
| 7.3 实验结果 |
| 7.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第八章 基于 AFLP 标记技术的斑头鱼群体遗传学研究 |
| 8.1 前言 |
| 8.2 材料与方法 |
| 8.2.1 实验材料 |
| 8.2.2 基因组 DNA 的提取 |
| 8.2.3 AFLP 的扩增 |
| 8.2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 8.2.5 数据分析 |
| 8.3 实验结果 |
| 8.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第九章 总结 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 在学期间发表的论文 |
（6）孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 采样和DNA提取 |
| 1.2 微卫星扩增和检测 |
| 1.3 数据统计 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星引物的筛选 |
| 2.2 遗传多样性 |
| 2.2.1 等位基因与等位基因频率 |
| 2.2.2 平均遗传杂合度和Hardy-Weinberg遗传偏离指数 |
| 2.2.3 多态信息含量 |
| 3 讨论 |
| 3.1 基底值可行性分析 |
| 3.2 引物适用性和遗传标记 |
（7）南海海域五种笛鲷的SSR和D-loop序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 生物多样性与遗传多样性 |
| 1.2 笛鲷属鱼类的分类及生存现状 |
| 1.2.1 笛鲷属鱼类的分类现状 |
| 1.2.2 笛鲷属鱼类的生存现状 |
| 1.3 笛鲷属鱼类遗传多样性的研究进展 |
| 1.3.1 形态学水平 |
| 1.3.2 细胞学水平 |
| 1.3.3 生物化学水平 |
| 1.3.4 分子水平 |
| 1.4 本研究的立题依据和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.1.1 实验鱼 |
| 2.1.2 主要药品及试剂 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 微卫星引物的筛选 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA 的提取 |
| 2.2.2 微卫星 PCR |
| 2.2.3 D-loop 控制区PCR |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 红鳍笛鲷和紫红笛鲷养殖与野生群体的结果与分析 |
| 3.1.1 两种笛鲷养殖和野生群体形态学差异 |
| 3.1.2 基因组DNA 的提取 |
| 3.1.3 SSR 技术实验结果 |
| 3.1.4 D-loop 控制区分析结果 |
| 3.2 湛江与三亚养殖千年笛鲷的结果与分析 |
| 3.2.1 基因组DNA 的提取 |
| 3.2.2 SSR 技术实验结果 |
| 3.2.3 D-loop 控制区分析结果 |
| 3.3 湛江与三亚野生孟加拉笛鲷和四带笛鲷的结果与分析 |
| 3.3.1 基因组DNA 的提取 |
| 3.3.2 SSR 技术实验结果 |
| 3.3.3 D-loop 控制区分析结果 |
| 3.4 五种笛鲷D-loop 区的聚类分析结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 红鳍笛鲷和紫红笛鲷养殖与野生群体的遗传多样性分析 |
| 4.1.1 两种笛鲷养殖与野生群体遗传多样性的SSR 数据分析 |
| 4.1.2 D-loop 区结果分析 |
| 4.1.3 SSR 标记和D-loop 区标记分析结果的比较 |
| 4.2 湛江与三亚养殖千年笛鲷的遗传多样性分析 |
| 4.2.1 千年笛鲷湛江与三亚养殖群体遗传多样性的SSR 数据分析 |
| 4.2.2 千年笛鲷D-loop 区序列变异及多样性分析 |
| 4.2.3 两种标记分析结果的比较 |
| 4.3 湛江与三亚野生孟加拉笛鲷和四带笛鲷的遗传多样性分析 |
| 4.3.1 两种笛鲷不同群体SSR 遗传多样性分析 |
| 4.3.2 D-loop 区全序列的测定及分析 |
| 4.3.3 SSR 标记和D-loop 区标记分析结果的比较 |
| 4.4 五种笛鲷D-loop 区的聚类分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（8）鲤TRAP分子标记筛选及其遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 DNA分子标记在水产动物中的应用 |
| 1.1 亲缘关系的研究 |
| 1.2 群体遗传学和保护遗传学研究 |
| 1.3 种质资源鉴定研究 |
| 1.4 品种起源和分化研究 |
| 1.5 基因图谱的构建研究 |
| 1.6 QTL定位与分子标记辅助育种研究 |
| 2 靶位区域扩增多态性标记技术(TRAP) |
| 2.1 TRAP标记基本原理及特点 |
| 2.2 TRAP标记技术的应用 |
| 2.3 展望 |
| 第二章 鲤TRAP分子标记优化反应体系的建立及在5个群体遗传分析中的应用 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料和DNA的提取 |
| 2.2 试剂和仪器 |
| 2.3 引物设计 |
| 2.4 PCR扩增 |
| 2.5 鲤TRAP-PCR反应参数的优化 |
| 2.6 数据统计与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 鲤TRAP-PCR体系建立 |
| 3.2 筛选有效引物进行群体遗传结构分析 |
| 3.3 5个鲤群体间的遗传相似度、遗传距离和聚类分析 |
| 3.4 鲤群体间的遗传分化 |
| 3.5 聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 第三章 应用TRAP标记分析建鲤改良品系及其原始亲本的遗传结构 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料和DNA的提取 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 PCR扩增 |
| 2.4 数据统计与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 TRAP标记的多态性分析 |
| 3.2 群体遗传结构分析 |
| 3.3 鲤品种间的遗传相似度、遗传距离 |
| 3.4 潜在特异分子标记 |
| 4 讨论 |
| 第四章 鲤改良品系TRAP分子标记与体重、体长性状的相关性分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 生长性状分布特征 |
| 3.2 群体遗传结构分析 |
| 3.3 与鲤群体体重、体长关联的TRAP标记位点初步筛选 |
| 3.4 与鲤体重、体长关联的TRAP位点的验证 |
| 4 讨论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录：试验试剂及配置 |
| 攻读学位期间发表或已接收的学术论文 |
| 攻读学位期间参加科研项目 |
（9）斜带石斑鱼野生和养殖群体的遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 遗传多样性及其研究意义 |
| 1.1 遗传多样性的概念 |
| 1.2 遗传多样性的研究意义 |
| 2 遗传多样性分析的分子标记技术 |
| 2.1 限制性片段长度多态性 |
| 2.2 随机扩增多态性DNA |
| 2.3 微卫星DNA标记 |
| 2.4 扩增片段长度多态性 |
| 2.5 简单重复序列区间增 |
| 2.6 单核苷酸多态性 |
| 3 石斑鱼遗传多样性的研究进展 |
| 3.1 表型水平 |
| 3.2 染色体水平 |
| 3.3 蛋白质(酶)水平 |
| 3.4 DNA分子标记水平 |
| 4 斜带石斑鱼的研究进展 |
| 4.1 斜带石斑鱼生物学研究 |
| 4.2 斜带石斑鱼遗传学研究进展 |
| 5 本研究的的目的和意义 |
| 第二章 斜带石斑鱼群体遗传多样性的微卫星分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 实验仪器、设备 |
| 1.4 微卫星引物 |
| 1.5 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因组DNA提取结果 |
| 2.2 微卫星PCR结果 |
| 2.3 两群体遗传多样性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 微卫星引物的通用性 |
| 3.2 遗传多样性分析 |
| 第三章 斜带石斑鱼群体遗传多样性的AFLP分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 相关试剂和溶液配制 |
| 1.3 实验仪器及设备 |
| 1.4 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 限制性内切酶酶切和预扩增反应琼脂糖凝胶电泳检测结果 |
| 2.2 选择性扩增反应琼脂糖凝胶电泳检测结果 |
| 2.3 AFLP扩增结果 |
| 2.4 斜带石斑鱼养殖群体和野生群体的遗传多样性分析 |
| 2.5 斜带石斑鱼养殖群体和野生群体的遗传分化 |
| 3 讨论 |
| 3.1 斜带石斑鱼群体遗传多样性 |
| 3.2 斜带石斑鱼群体遗传分化 |
| 3.3 SSR和AFLP两种分子标记结果的比较 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 英文缩写与译文 |
| 致谢 |
| 作者在读期间科研成果简介 |
（10）黑斑原鮡遗传多样性分析及微卫星标记的开发（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述与研究目的及意义 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 遗传多样性的概念及意义 |
| 1.2 遗传多样性的检测 |
| 1.2.1 形态标记 |
| 1.2.2 细胞学标记 |
| 1.2.3 生化标记 |
| 1.2.4 分子标记 |
| 1.2.5 分子标记的分类及代表性技术的简介 |
| 1.2.6 遗传多样性的度量方法 |
| 1.3 微卫星标记详述及其在鱼类遗传多样性研究中的应用 |
| 1.3.1 微卫星的发现 |
| 1.3.2 微卫星的特点 |
| 1.3.3 微卫星DNA的多态性及其产生的机理 |
| 1.3.4 微卫星突变的理论模型 |
| 1.3.5 微卫星DNA的功能 |
| 1.3.6 微卫星序列的获得 |
| 1.3.7 微卫星DNA标记技术的基本流程 |
| 1.3.8 微卫星标记的优点及不足 |
| 1.3.9 微卫星DNA标记在鱼类遗传多样性研究中的应用 |
| 1.4 AFLP技术详述及其在鱼类遗传多样性研究中的应用 |
| 1.4.1 AFLP基本原理 |
| 1.4.2 AFLP的特点 |
| 1.4.3 AFLP技术流程 |
| 1.4.4 关于AFLP技术的评价 |
| 1.4.5 AFLP技术在鱼类遗传多样性研究中的应用 |
| 2 黑斑原鮡的研究概况 |
| 3 研究目的与意义 |
| 第二章 利用AFLP技术对黑斑原鮡不同地理群体的遗传多样性研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要仪器 |
| 2.3 主要试剂及溶液配制 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.4.1 基因组DNA制备 |
| 2.4.2 基因组DNA的酶切连接 |
| 2.4.3 预扩增 |
| 2.4.4 选择性扩增 |
| 2.4.5 引物对的筛选 |
| 2.4.6 变性聚丙烯酰胺凝胶检测 |
| 2.4.7 数据整理分析 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 基因组DNA电泳检测 |
| 3.2 选择性扩增产物的聚丙烯凝胶电泳检测 |
| 3.3 群体遗传多样性 |
| 3.4 群体间的遗传分化 |
| 4 讨论 |
| 4.1 实验材料收集问题 |
| 4.2 AFLP实验操作问题 |
| 4.3 AFLP研究中多态性位点数的有效性 |
| 4.4 黑斑原鮡遗传多样性问题 |
| 4.5 黑斑原鮡资源保护及利用 |
| 第三章 利用微卫星标记对黑斑原鮡不同地理群体的遗传多样性研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法: |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 主要实验仪器和试剂 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.3 研究方法 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取及定量 |
| 2.3.2 PCR扩增 |
| 2.3.3 电泳分离和银染显影 |
| 2.3.4 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 微卫星座位上的PCR扩增和变异 |
| 3.2 微卫星位点的遗传多样性 |
| 3.3 群体内的遗传多样性 |
| 4 讨论 |
| 4.1 微卫星座位的保守性和变异性 |
| 4.2 黑斑原鮡群体遗传多样性 |
| 4.3 群体间遗传变异 |
| 4.4 SSR和AFLP两种标记系统的比较 |
| 第四章 构建微卫星富集文库筛选微卫星序列 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 菌株 |
| 2.1.3 载体和酶 |
| 2.1.4 接头引物序列 |
| 2.1.5 探针 |
| 2.1.6 载体PCR引物 |
| 2.1.7 试剂盒 |
| 2.1.8 主要仪器和药品 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 基因组DNA的制备(同第二章) |
| 2.2.2 构建微卫星富集文库 |
| 2.2.3 连接反应 |
| 2.2.4 转化 |
| 2.2.5 PCR方法筛选含有微卫星序列的阳性克隆 |
| 2.2.6 测序 |
| 2.2.7 序列分析 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 基因组DNA提取结果 |
| 3.2 基因组DNA的酶切检测及回收 |
| 3.3 连接片段PCR扩增结果 |
| 3.4 双链DNA目的片段的检测 |
| 3.5 PCR方法筛选含微卫星的阳性克隆的结果 |
| 3.6 阳性克隆的测序结果及序列特征分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 探针的选择 |
| 4.2 酶切片段的大小及酶的种类 |
| 4.3 测序过程中出现信号衰减的讨论 |
| 4.4 微卫星序列特征分析 |
| 第五章 微卫星标记的筛选及通用性的检测 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验设备和试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 模板DNA的提取(同第二章) |
| 2.3.2 微卫星引物设计 |
| 2.3.3 微卫星引物的初步筛选 |
| 2.3.4 微卫星多态性引物的筛选 |
| 2.3.5 微卫星标记的通用性检测 |
| 2.3.6 数据分析 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 引物设计 |
| 3.2 初步筛选结果 |
| 3.3 多态性微卫星引物的筛选结果 |
| 3.4 通过跨属扩增得到的多态性微卫星标记 |
| 3.5 数据统计与分析 |
| 3.5.1 黑斑原鮡微卫星DNA数据分析 |
| 3.5.2 黄斑褶鮡微卫星DNA多态数据分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 黑斑原鮡微卫星引物设计中微卫星序列的选取 |
| 4.2 微卫星引物初筛和复筛时模板的选取 |
| 4.3 跨种扩增微卫星位点进行多态性分析 |
| 第六章 结论 |
| 1 主要研究结果 |
| 2 创新之处 |
| 3 展望 |
| 主要参考文献: |
| 附图:黑斑原鮡部分微卫星序列在Genebank的登录情况 |
| 在学期间的论文情况: |
| 致谢 |
四、紫红笛鲷随机扩增多态性DNA及遗传多样性分析(英文)（论文参考文献）
- [1]我国黑棘鲷不同野生群体四种线粒体基因序列的比较研究[D]. 王泽园. 集美大学, 2018
- [2]翘嘴红鲌雌雄基因组差异及太湖野生群体遗传多样性现状的AFLP分析[J]. 刘祥芳,郑建波,贾永义,顾志敏,罗琛. 水生生物学报, 2017(06)
- [3]川陕哲罗鲑种群遗传学及分子系统发育研究[D]. 汪珂. 南京农业大学, 2016(12)
- [4]4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析[J]. 刘丽,赵洁,郭昱嵩,刘楚吾. 热带海洋学报, 2012(04)
- [5]基于AFLP标记技术的几种海洋经济鱼类分子系统地理学研究[D]. 韩刚. 中国海洋大学, 2012(04)
- [6]孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析[J]. 李培,王中铎,郭昱嵩,刘丽,刘楚吾. 台湾海峡, 2011(04)
- [7]南海海域五种笛鲷的SSR和D-loop序列分析[D]. 李培. 广东海洋大学, 2011(05)
- [8]鲤TRAP分子标记筛选及其遗传多样性分析[D]. 曲疆奇. 南京农业大学, 2010(06)
- [9]斜带石斑鱼野生和养殖群体的遗传多样性分析[D]. 黄宗文. 海南大学, 2010(02)
- [10]黑斑原鮡遗传多样性分析及微卫星标记的开发[D]. 郭宝英. 华中农业大学, 2009(12)